Отличие между ООПТ и ООЗТ в правовом статусе природоохранных территорий заключается в следующем:

• ООПТ защищены федеральным законодательством. 2 Их границы и режим использования строго регламентируются и не могут быть изменены без соблюдения сложных процедур согласования. 2 Любая хозяйственная деятельность проходит государственную экологическую экспертизу. 7
• ООЗТ введены региональным законодательством, что существенно снижает уровень защиты. 2 Правовой статус таких территорий оказывается неопределённым, что даёт пространство для злоупотреблений. 2 Например, если в границах ООПТ строительство категорически запрещено, то в рамках ООЗТ оно допускается в ряде случаев, включая размещение нестационарных объектов. 2

Кроме того, из ООЗТ могут свободно изъять участок без компенсации и даже обоснования, в то время как у ООПТ не допускается изменение границ, которое приведёт к уменьшению площади. 1