Отличие биологического мониторинга от других видов мониторинга заключается в объекте наблюдения: биологический мониторинг фокусируется на реакции живых организмов на загрязнение окружающей среды. 1

Он включает методы биоиндикации и биотестирования, которые позволяют оценивать качество среды по состоянию её представителей — биоиндикаторов. 25 В качестве биоиндикаторов могут быть использованы бактерии, водоросли, высшие растения, беспозвоночные животные, млекопитающие. 2

Другие виды мониторинга направлены на наблюдение за разными компонентами окружающей среды:

• Геофизический мониторинг изучает элементы неживой составляющей биосферы, в том числе объекты, созданные человеком. 1
• Климатический мониторинг контролирует и прогнозирует колебания климатической системы, охватывая атмосферу, океан, ледяной покров и другие части биосферы, влияющие на формирование климата. 1
• Физический мониторинг отслеживает физические природные явления, например активность вулканов, наводнения, засухи, шторма. 4
• Химический мониторинг изучает химические загрязнения, в том числе состав воды в водоёмах, осадках, грунте. 4