Существует ли программа, которая сравнивает два видеофайла по продолжительности и указывает, где какой промежуток отсутствует?

Нет, такой программы не существует. yandex.ru Но можно замерить объём файла и его продолжительность и на основе этого сделать вывод, сколько было вырезано из видео. yandex.ru

Для сравнения видео можно воспользоваться, например, следующими инструментами:

• Video Comparer. www.video-comparer.com Программа позволяет находить дубликаты видео, сохранять лучшее качество и экономить место на диске. www.video-comparer.com
• Video2Edit. www.video2edit.com Онлайн-инструмент для сравнения видео, который позволяет оценить его качество на основе различных параметров с помощью технологии машинного обучения. www.video2edit.com При этом сравниваемые видео должны иметь одинаковое разрешение. www.video2edit.com
• video-compare. github.com Инструмент для сравнения видео на разделяемом экране, написанный на C++14 с использованием библиотек FFmpeg и SDL2. github.com