Да, файлы на рабочем столе на другом диске могут сохраниться после переустановки Windows. 1

По умолчанию вновь установленная система назначит папку для рабочего стола на диске C. 1 Если при установке создастся папка Windows.old, то, возможно, файлы с рабочего стола будут сохранены в ней (но это не факт). 1 При этом директория в несистемном разделе должна остаться нетронутой. 1

Чтобы избежать потери данных, перед переустановкой рекомендуется создать резервную копию файлов на внешний жёсткий диск. 5

Также можно переместить папки «Мои документы», «Загрузки» и «Рабочий стол» на диск D, так как он при переустановке Windows не форматируется без запроса пользователя. 23