Несколько причин, по которым ударение в слове «благословить» падает на последний слог, а в других глаголах — на предпоследний:

• Вид глагола. 1 «Благословить» — глагол совершенного вида, а сопоставляемые с ним глаголы — несовершенного вида. 13
• Тип словообразования. 3 «Благословить» — переходный глагол, в то время как сопоставляемые с ним глаголы — непереходные. 3
• Современная тенденция языка. 2 Глагол «благословить» перенял её от глаголов современного русского языка, в которых ударение падает на глагольный суффикс (например, упростить, разрешить). 2