Да, при смене жёсткого диска компьютер будет чистым, так как в процессе замены можно отформатировать диск, что очистит его от старых данных, настроек и потенциальных вирусов. 1
Также можно использовать метод клонирования, когда все данные с жёсткого диска переносятся на новый накопитель, при этом старый диск остаётся нетронутым. 2