Змееяд считается одной из самых редких хищных птиц в Европе по нескольким причинам:

• Уменьшение мест, где водятся змеи — основная пища пернатого хищника. 4 Это происходит, например, из-за освоения верховых болот при добыче торфа. 4
• Низкая репродуктивная способность. 3 Выкормить даже одного птенца змееядом непросто. 3
• Нападения других хищников. 3 Взрослые особи часто подвергаются нападениям других хищников, которые легко отбирают у них добычу. 3
• Освоение земель под сельскохозяйственную деятельность. 3 Трансформация земель также влияет на численность птиц. 3
• Отстрел браконьерами. 4

Змееяд включён в Красные книги Белоруссии, Латвии, Польши, России, Украины. 4