Жёлтые кувшинки нуждаются в защите на законодательном уровне, потому что их численность сокращается из-за уменьшения естественных мест обитания и чрезмерного сбора. 3

Растение стало редким из-за вытеснения его другими водными видами, а также гидрологического или гидрохимического изменения режима водоёмов. 1 Кроме того, жёлтая кувшинка плохо переносит трансплантацию и интенсивные перемещения, что также способствует её редкости. 3

В ряде стран, включая Россию, жёлтая кувшинка (кубышка) внесена в Красную книгу — специальный список охраняемых видов растений и животных, которые находятся под угрозой исчезновения. 2 Это означает, что растение является редким и нуждается в особой защите и восстановлении естественных местообитаний. 2