Зейская ГЭС считается важным объектом для регулирования наводнений, потому что она регулирует расход воды, предотвращая наводнения в нижнем течении Зеи и Амура. 4

Это достигается за счёт большого водохранилища Зейской ГЭС (около 70 кубокилометров). 1 Оно позволяет не только многолетнее регулирование стока реки Зея в энергетических целях, но и срезать значительные пики паводков. 1 Полный объём водохранилища примерно в два раза превышает требуемый для работы ГЭС объём, и именно этот объём используется для предотвращения негативных последствий паводков. 1

Например, в ходе катастрофического наводнения 2013 года работа Зейской ГЭС позволила снизить расходы более чем вдвое и в целом задержать около двух третей паводкового стока. 2