Заповедник «Кузнецкий Алатау» считается уникальным местом в Кемеровской области по нескольким причинам:

• Многочисленные горные карстовые озёра и ледники. 1 Они расположены на необычно низких высотах — 1200–1500 м н. у. м.. 35 Здесь находится самое глубокое озеро Кузбасса — Среднетерсинское, а также самое большое горно-ледниковое озеро области — Рыбное, из которого берёт своё начало река Верхняя Терсь. 1
• Исключительный по высоте для региона снежный покров. 2 В среднем по территории заповедника он достигает 3–5 метров, а в межгорных впадинах и надувах — до 10–15 м. 2
• Ключевая орнитологическая территория. 13 Место гнездования таёжных и высокогорных видов птиц, включая краснокнижных большого подорлика, балобана и сапсана. 1
• Множество редких и эндемичных видов растений. 1 Например, родиола розовая, левзея софроловидная, пион уклоняющийся, башмачки настоящий и крупноцветковый и другие. 1