Заповедник «Чёрные земли» считается важным местом для охраны сайгаков, потому что он играет ключевую роль в сохранении популяции этого животного Северо-Западного Прикаспия. 4 Это единственная популяция, обитающая исключительно в границах Российской Федерации. 4

На основном участке «Чёрные земли» осуществляются охрана и восстановление популяции сайгака. 14 Здесь чётко налажена система охраны территории заповедника и его охранной зоны с помощью нескольких мобильных инспекторских групп, постоянно находящихся в степи. 1

Кроме того, участок «Озеро Маныч-Гудило» в заповеднике является водно-болотным угодьем международного значения, где находятся гнездовья и зимовки многих редких видов водоплавающих и околоводных птиц. 14