Заповедник «Басеги» считается уникальным с точки зрения ботаники благодаря разнообразию и своеобразию его растительного мира. 1

Флора заповедника насчитывает 527 видов сосудистых растений из 72 семейств. 2 Среди них 17 видов относятся к растениям-эндемикам, которые растут только на склонах хребта Басеги. 5

Для высотной части хребта Басеги характерны уральские флористические эндемики и перигляциальные реликты арктической, азиатской и горно-европейской флор. 3 75 видов сосудистых растений заповедника входят в число редких и исчезающих. 3

Также в заповеднике есть виды, занесённые в Красную книгу РФ, например лишайник лобария лёгочная и орхидеи — надбородник безлистный и калипсо луковичная. 3