Закисление воды представляет серьёзную угрозу для экосистем по нескольким причинам:

• Гибель водных организмов. 25 Когда среда подкислена, погибают яйцеклетки, сперма и молодь водных обитателей. 5 Особенно чувствительны к закислению виды, раковины которых образованы из углекислого кальция. 1
• Нарушение пищевых цепочек. 25 Многие пищевые цепи, охватывающие почти всех диких животных, начинаются в водоёмах. 5 Из-за закисления сокращается популяция птиц, питающихся рыбой или насекомыми, личинки которых развиваются в воде. 5
• Распространение агрессивных видов. 1 Из-за повышения кислотности воды распространяются агрессивные виды: грибы, лишайники, водоросли-паразиты. 1 Они в короткие сроки превращают водоёмы в заболоченные, что по цепочке влияет на береговую линию и вглубь материков. 1
• Изменение структуры и функционирования экосистем. 4 Подкисление пресноводных экосистем может привести к сокращению местного биоразнообразия и полностью изменить структуру и работу экосистем. 4

Закисление воды может быть вызвано различными факторами, включая поглощение углекислого газа из атмосферы, кислотные дожди, добычу полезных ископаемых. 14