Забайкальский национальный парк считается уникальным природным объектом по нескольким причинам:

• Разнообразие флоры. 14 В составе флоры парка много эндемичных, редких и реликтовых растений. 14 Здесь отмечены местообитания многих видов, занесённых в Красную книгу Российской Федерации. 1
• Ценные природные насаждения. 1 На территории парка выявлено более 10 тыс. га природных насаждений особой ценности, в том числе леса из сосны, лиственницы Гмелина, сибирского кедра и пихты сибирской в возрасте 200 лет и старше. 1
• Богатая фауна. 14 На территории национального парка зарегистрировано 300 видов наземных позвоночных животных: 50 видов млекопитающих, 250 — птиц, 3 — пресмыкающихся и 3 вида земноводных. 1
• Крупнейшее на Байкале лежбище нерпы. 4 Больше всего нерп встречается на Ушканьих островах, где их численность достигает порой 2500–3000 особей. 4

С 1996 года Забайкальский национальный парк входит в состав объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО — озеро Байкал. 2