Юнтоловский заказник считается важным местом для перелётных птиц, потому что это одно из немногих мест в устье Невы, где они могут останавливаться на отдых во время миграции по Беломорско-Балтийскому миграционному пути. 23

Через Санкт-Петербург и Финский залив ежегодно летят миллионы птиц, которые мигрируют в основном ночью. 1 Они пролетают заказник и акваторию Финского залива транзитом либо останавливаются для отдыха на поросших тростником мелководьях. 1

Кроме того, на территории заказника обитают редкие виды птиц, многие из которых занесены в Красную книгу. 13 Например, большая выпь, серая утка, широконоска, белоспинный дятел, ремез, варакушка. 3