Юнтоловский заказник считается важным природным объектом Санкт-Петербурга по нескольким причинам:

• Сохранение типичных приморских ландшафтов. 1 На территории заказника в городской черте сохранились болота, хвойные и мелколиственные леса, водные и прибрежные экосистемы. 1
• Обитание редких видов животных и растений. 12 В заказнике встречаются десятки редких видов животных и растений, в том числе восковник болотный, занесённый в Красную книгу России. 12
• Место отдыха перелётных птиц. 1 Территория заказника давно стала одним из немногих мест в устье Невы для отдыха перелётных птиц на Беломорско-Балтийском миграционном пути. 1
• Поддержание экологического баланса. 3 Заказник создан для сохранения и восстановления ценных природных комплексов побережья восточной части Финского залива и поддержания экологического баланса. 3