Ятрышник клопоносный включён в Красную книгу России, потому что находится под угрозой исчезновения. 23
Некоторые причины сокращения численности растения:
- Освоение земель в местах обитания ятрышника клопоносного. 2
- Сбор клубней (растение лекарственное, страдает от сбора). 5
- Изменение гидрологического режима, распашка, выпас, интенсивное сенокошение, пожары, окультуривание ландшафтов и увеличение рекреационной нагрузки. 5
Ятрышник клопоносный — уязвимый вид, чувствителен к перечисленным факторам. 12