Яно-Индигирская низменность важна для судоходства благодаря наличию важных водных путей, в частности рек Яна и Индигирка. 24

Яна считается одной из пяти самых сложных для судоходства рек России: она узкая, извилистая, с мелями, которые каждый год меняют своё расположение. 1 В то же время Индигирка в низовьях — одна из самых развитых транспортных артерий Якутии. 3

Например, по реке Яна можно добраться до одного из труднодоступных населённых пунктов — Нижнеянска, причём официального транспорта туда нет, только по договорённости. 1

Однако стоит учитывать, что судоходство по некоторым участкам Яно-Индигирской низменности осложнено наличием несудоходной протоки в низовьях Яны. 1