Яндекс Метрика может не определять поисковую фразу по нескольким причинам: 1

• Срок действия cookie закончился. 1 Например, если посетитель перешёл по ссылке из результатов поиска и оставил страницу открытой на долгое время, затем обновил её или закрыл. 1
• Страница, по ссылке на которую перешёл посетитель из результатов поиска, перенаправила его на другой домен. 1
• Браузер посетителя блокирует cookie. 1

Также Яндекс Метрика не может определять поисковые запросы не из Поиска Яндекса, так как другие поисковые системы шифруют свой трафик по протоколу https в момент запроса. 1

Ещё одна возможная причина, по которой Яндекс Метрика не показывает поисковые фразы, — проблемы с отправкой referer. 2 Такое бывает, если в пользовательском браузере есть ошибки, а в компьютере — вирусы, которые подменяют результаты поиска. 2 Также пользователь сам может подделывать referer, и тогда Метрика отсекает эти запросы как некорректные. 2