Несколько возможных причин, по которым Яндекс Диск не чистит корзину и создаёт дубли папок:

• Процесс удаления множества файлов занимает время. 1 Когда пользователь даёт команду на очистку корзины, не все файлы успевают переместиться в неё из основной части Диска, и появляется сообщение об ошибке. 1 В таком случае нужно подождать, пока предыдущее действие будет выполнено. 1
• Включена синхронизация. 2 Если она включена, файлы с компьютера снова копируются в Яндекс Диск. 2
• Неправильная настройка перемещения локального хранилища. 4 Например, если после выключения синхронизации изменить путь к новому хранилищу в интерфейсе Яндекс Диска и снова включить синхронизацию, облачные данные могут дублироваться на компьютере. 4

Для получения подробной помощи в решении проблемы рекомендуется обратиться в поддержку Яндекс Диска по почте disk@support.yandex.ru. 1