Водяной орех (рогульник плавающий, чилим) считается исчезающим видом растений в России по нескольким причинам:

• Изменение водного режима. 2 Из-за строительства плотин и водохранилищ в европейской части страны многие старицы, где обитает водяной орех, начали зарастать и заиливаться. 2 Некоторые озёра стали превращаться в болота, некоторые, наоборот, — пересыхать. 2 Это привело к угасанию многих популяций растения. 2
• Загрязнение воды. 23 Для водяного ореха губительно попадание в среду обитания отходов разных производств, особенно химических. 2
• Промысловый сбор плодов. 1 До середины XX века плоды водяного ореха использовали в пищу, особенно в «голодные годы», что резко сократило распространение растения. 3
• Вытеснение другими видами. 3 Например, водяной орех может вытеснять водный сорняк элодея канадская. 3

Водяной орех был включён в Красную книгу РСФСР, но в 2008 году исключён из Красной книги России. 1 Тем не менее он всё ещё остаётся в Красных книгах Московской области, Краснодарского края и других регионов. 1