Несколько причин, по которым водоохранные зоны могут располагаться неправильно относительно географических границ водоёмов:

• Отсутствие точных картографических данных. 2 Многие водные объекты и их прилегающие территории недостаточно хорошо изучены и документированы, что затрудняет точное определение границ водоохранных зон. 2
• Сложности в проектировании. 2 Проектирование водоохранных зон требует комплексного подхода, включающего сбор и анализ данных о гидрологии, геоморфологии и экологическом состоянии водоёмов. 2 В отсутствие точных данных и карт эти задачи становятся весьма трудными и затратными. 2
• Проблемы с определением уровня воды. 5 Для водохранилищ характерной проблемой при установлении границ водоохранных зон и береговых полос является определение уровня воды, от которого исчисляются границы соответствующих зон. 5 Так, фактический уровень воды в них искусственно регулируется в достаточно широких пределах, а закреплённый документально «нормальный подпорный уровень» может серьёзно отличаться от фактически поддерживаемого большую часть года. 5

Для решения этих проблем необходимо усовершенствовать законы, улучшить взаимодействие между ведомствами и внедрить современные технологии мониторинга. 2