Кайраккумское водохранилище считается важным объектом водно-болотных угодий, потому что оно служит местом обитания множества рыб и птиц. 1

Заиленные участки водохранилища с множеством небольших озёр и отмелей с тугайной растительностью служат местом обитания многих тысяч зимующих водоплавающих птиц, куликов и хищных птиц. 3 Участок земли площадью 1150 км², охватывающий водохранилище и его окрестности, определён BirdLife International как важный птичий ареал, поскольку он поддерживает значительное количество популяций различных видов птиц. 3

Кроме того, водохранилище играет ключевую роль в снабжении региона пресной водой, а также используется для орошения сельскохозяйственных угодий и поддержания экосистемы. 15