Водный транспорт считается одним из самых экологичных в России по нескольким причинам:

• Движение по воде, а не по земле. 4 Это снижает нагрузку на дорожную инфраструктуру и помогает избежать пробок и заторов, что уменьшает выбросы выхлопных газов в атмосферу. 4
• Относительно небольшое потребление топлива. 1 Объекты водного транспорта на единицу перевозимой массы потребляют относительно немного топлива, а их двигатели большую часть времени работают в оптимальном режиме, поэтому отработавшие газы содержат минимум вредных веществ. 1
• Наличие устройств биологической очистки. 2 Все суда снабжены такими устройствами, которые разлагают сточные воды, возникающие в результате потребления воды на борту. 2 Затем сточные воды собираются в ёмкости и сливаются на безопасном расстоянии от прибрежных, особенно чувствительных водных территорий. 2

Однако стоит учитывать, что водный транспорт также является мощным источником не только химического, но и физического воздействия на среду: суда являются источником шума, различных вибраций, находящаяся на них аппаратура формирует электромагнитные поля. 1