Несколько причин, по которым вода в реке Баксан может иметь повышенный уровень загрязнения:

• Геологические и геохимические особенности региона. 3 В водных объектах Центрального Кавказа, в том числе в реке Баксан, содержатся повышенные концентрации многих микроэлементов, в том числе тяжёлых металлов. 13
• Техногенное воздействие. 2 Микроэлементы поступают в водоёмы со стоками с территории горнодобывающей промышленности. 2 В случае с рекой Баксан это могут быть отходы, хвостохранилища и карьеры. 2
• Использование для водоснабжения населённых пунктов подземных и поверхностных источников воды. 13 Ежегодно в Баксан попадает около 3 млн м³ сточных вод без должной очистки. 13
• Природные процессы. 2 Для территории протекания рек Центрального Кавказа характерны выветривание и вымывание горных пород и минералов, эрозийные процессы, селевые смывы, поступление паводковых вод. 2
• Деятельность очистных сооружений. 45 В 2019 году комиссия пришла к выводу, что реку загрязняет сбросный канал очистительных сооружений Баксана. 4