Вода в Эгейском море может быть чище, чем в Средиземном, по нескольким причинам:

• Отсутствие промышленных зон недалеко от береговой линии. 2 На чистоту морской воды влияет этот фактор, так как промышленные отходы несут в моря впадающие в них реки. 2
• Замкнутость Эгейского моря. 2 Чем меньше рек впадает в море, тем оно чище, так как именно реки несут в моря промышленные отходы. 2
• Влияние черноморских течений. 1 Вода в Эгейском море чистая и прохладнее, чем в Средиземном. 1

Однако стоит учитывать, что у турецкого берега Эгейского моря (от Измира до Стамбула) вода загрязнена сточными водами, из-за чего здесь случаются «красные приливы». 3

Таким образом, чистота воды в Эгейском и Средиземном морях зависит от разных факторов и может отличаться в разных частях водоёмов.