Вода в бухте Песчаная теплее, чем в остальном Байкале, благодаря более высокой температуре воздуха в этом месте. 35 В бухте Песчаной на западном берегу Байкала средняя годовая температура воздуха положительная — около +0,4 °С. 13 Это самое тёплое место во всей Восточной Сибири. 1

Также на температуру воды прибрежных участков озера влияет вынос тёплых вод большими реками — Селенгой, Баргузином, Верхней Ангарой и другими. 1 В связи с этим летом в придельтовых участках рек и в заливах, к которым относится и бухта Песчаная, температура воды может достигать +22 °С. 1