Василёк Дубянского считается уязвимым видом, потому что находится под угрозой исчезновения. 24

Основная причина вымирания — широко проводимое облесение песков (посадки сосны), в том числе на территории заповедников, например Хопёрского. 14 Песчано-степные виды не выдерживают затенения, а кроме того, при посадках сосны на пески проникает много сорняков, обильно разрастаются более активные песчаные виды, с которыми василёк Дубянского не выдерживает конкуренции, особенно при ограниченных возможностях возобновления. 14

Также к причинам уязвимости вида относят слабое семенное возобновление, возможно, из-за повреждения семянок насекомыми. 1