Возможно, высокая степень чистоты воды в верховьях Томи сохраняется благодаря минимальному антропогенному воздействию, так как в этих местах река протекает по лесным массивам. 5
Также есть информация, что в верховьях Томи химический состав воды близок к составу местных грунтовых или болотных вод. 3
Однако стоит учитывать, что река Томь очень неоднородна по степени загрязнения: в верховьях она идеально чиста, а между Новокузнецком и Томском индекс загрязнённости приближается к критической отметке. 2 Это связано с деятельностью предприятий, расположенных вдоль русла Томи: угольщиков, химиков, металлургов. 2