В верхнем течении Зея имеет горный характер, потому что берёт начало на южных склонах системы Станового хребта. 1 Водный поток окружён высокими склонами, в районе хребта Тукурингра река течёт в глубоком скалистом ущелье. 1

В нижнем течении (ниже впадения Селемджи) Зея выходит на равнину, где её долина расширяется, а русло расчленяется на многочисленные рукава. 2 Это связано с тем, что в этом участке река протекает по Зейско-Буреинской равнине, которая имеет более ровный рельеф и образована древними террасами Амура. 4

Таким образом, характер течения реки зависит от географического положения: в верхнем течении она протекает в горных условиях, а в нижнем — на равнине.