Особый микроклимат в ущельях хребта Крыкты-Тау, вероятно, сохраняется благодаря специфике рельефа — сильной расчленённости склонов, из-за которой от платообразного основного хребта отходит много отрогов и, как следствие, образуется много ущелий и логов. 2

Также на климат в горах влияет высота: с её увеличением атмосферная температура падает примерно на 0,5–0,6 °C на каждые 100 метров. 1

Кроме того, горы стоят на пути ветровых систем, что заставляет воздух подниматься над ними. 1 По мере подъёма воздух остывает, что приводит к более высоким осадкам на наветренных горных склонах. 1

Хребет Крыкты-Тау расположен в умеренном континентальном климате, с тёплым летом и умеренно холодной зимой. 35