Несколько причин, по которым в русской топонимике встречаются одинаковые названия с разными корнями:
- Историческая обусловленность названий. m.ok.ru Часто с изменениями владельца деревни изменялось и её название. m.ok.ru К этому же приводило и церковное строительство: результатом возведения в каком-либо селении храма обычно было его преобразование в село и присвоение ему церковного названия. m.ok.ru
- Разнообразие структур русских топонимов. www.dissercat.com В русской топонимической номинации не существует жёстких структурных рамок, поэтому топоним может быть не только однословным, но и двух-, трёх-, четырёхсловным. www.dissercat.com
- Влияние древних народов и слов, ушедших из языка. otvet.mail.ru Значительное количество топонимов осталось от древних народов или слов, ушедших из языка. otvet.mail.ru
Таким образом, встречающиеся одинаковые названия с разными корнями могут отражать различные исторические процессы и особенности топонимообразования в разных регионах.