Несколько причин, по которым в русском языке многие географические названия имеют женский род:

• Исторически сложившаяся традиция. 1 Например, Сызрань — женского рода, а Суздаль — мужского. 1
• Влияние окончания. 3 Географические названия, оканчивающиеся на «-а», как правило, имеют женский род. 35
• Определение рода по родовому нарицательному слову. 2 Род несклоняемых иноязычных географических названий определяется по родовому нарицательному слову, например, по слову «город». 2

Также есть топонимы, которые получили своё название в честь конкретных представительниц женского пола — исследовательниц и учёных. 1 Например, в Саянах есть гора Марфы Черской, а на Памире — пик Евгении Корженевской. 1