Почему в разных регионах могут быть разные правила написания названий департаментов?

Возможно, разные правила написания названий департаментов в регионах связаны с тем, что названия региональных органов власти устанавливаются конституцией (уставом) или законом с учётом исторических, национальных и иных традиций. cyberleninka.ru

Например, в Рязанской области в состав наименования представительного органа муниципального района, городского округа, городского округа с внутригородским делением входит слово «Дума», а в состав наименования представительного органа поселения и внутригородского района — словосочетание «Совет депутатов». cyberleninka.ru В Вологодской области для представительного органа городского округа установлено наименование «Городская Дума», для муниципального района — «Земское Собрание», «Муниципальное Собрание», «Представительное Собрание», «Дума», для городского сельского поселения — «Совет». cyberleninka.ru

В целом же в России есть общее правило: названия департаментов, главных управлений, управлений, самостоятельных отделов министерств и иных федеральных органов исполнительной власти пишутся с прописной буквы, названия отделов — со строчной. base.garant.ru