Цитрин встречается в природе реже других разновидностей кварца из-за особенностей формирования кристаллов в процессе их роста. 5
Цитрин образуется, когда аметист или дымчатый кварц подвергаются воздействию высоких температур (около 300–500 °C). 3 Природные месторождения цитрина часто находятся в регионах с активной вулканической деятельностью в прошлом. 3
Если температура расплава при формировании кристаллов ниже 420 °C, то образуется аметист, а если выше 440 °C — цитрин. 5