Значительные температурные перепады в разные сезоны в Перуанском течении связаны с подъёмом глубинных вод к поверхности у побережья. 1 Под совместным действием приземных ветров и эффекта вращения Земли поверхностные воды отходят от берега. 1 Температура поверхностного слоя воды в Перуанском течении понижается с запада на восток. 1

Поскольку наиболее сильные пассаты наблюдаются зимой Южного полушария, зимний подъём холодных глубинных вод интенсивнее летнего. 1 Поэтому зимой температура поверхностных вод ещё более низкая, чем летом, увеличивается годовая амплитуда температур. 1

Кроме того, в аномальные по климатическим условиям годы, например, во время Эль-Ниньо, холодное Перуанское течение практически останавливается, «перекрывая» тем самым подъём глубинных холодных вод. 4 Температура поверхности океана во всём районе повышается до 21–23 °С, а иногда и до 25–29 °С. 4