Большие перепады глубины в Онежском озере связаны с геологическим строением дна. 15

Котловина озера и его северные заливы врезаны в южный край Балтийского кристаллического щита, перекрытого южнее толщей осадочных пород девона и карбона. 5 Твёрдые древние породы — граниты и гнейсы, выходящие на севере озера на поверхность, обработаны ледником. 5 На месте тектонических разломов образовались заливы. 5

Наиболее резкие изменения морфологии дна котловины озера связаны не со смещениями по разломам, а с разрушением морфоструктур процессами денудации. 1 Возвышенные участки, создающие максимальные перепады глубин, являются отпрепарированными эрозией останцами гренвиллских расслоенных интрузий. 1