Проблема подтоплений жилых районов в Омске связана с несколькими факторами:

• Особенности рельефа и геологического строения. 45 В некоторых районах города есть неогеновые глины, которые не впитывают влагу, а отталкивают её. 4 Также цоколь террасы находится ниже уреза воды в Иртыше, а поверхность террасы практически бессточная. 5
• Деятельность человека. 12 Например, в XX веке, чтобы оптимизировать судоходство, была срезана петля реки около Большеречья, что привело к ускорению течения и началу активного размыва берегов. 2
• Неправильное строительство. 3 Дороги в Омске часто строят поперёк естественных подземных водотоков, не соблюдая требования по водопонижению. 3
• Отсутствие грамотной инженерной инфраструктуры. 1 В городе практически нет ливневой и бытовой канализации, многие колодцы забиты. 1
• Исторические изменения русла Иртыша. 2 В некоторых населённых пунктах, появившихся во времена освоения целины, из-за хозяйственного использования воды возникли подтопления. 2

По мнению эколога Сергея Костарева, ещё одна причина подтоплений — отсутствие поверхностного стока, из-за чего вода застаивается и ей некуда деваться. 3