Затопления подземных озёр в Новоафонской пещере происходят из-за обильных осадков на поверхности. 1 Во время дождя или обильного таяния снегов вода просачивается сквозь трещины в известняковых породах и заполняет подземные водоёмы, выходя из берегов. 35

Например, в зале Нарта (Глиняном) во время обильных осадков поверхностные воды просачиваются под землю, и уровень Сифонного озера поднимается. 14 Основной поток воды, затапливавший южные залы Новоафонской пещеры, поступает именно через этот зал. 1

Чтобы предотвратить затопления, в зале «Анакопия» был сооружён водоотвод, по которому излишние воды стекают в местную реку Маниквара. 14