Несколько причин, по которым в низовьях реки Ея образуются заболоченные участки:

• Неустойчивый гидрологический режим. 1 Уровень воды и расходы значительно изменяются по сезонам: течение в реке наблюдается весной, после таяния снегов, и летом после дождей. 1 В засушливое время года река местами пересыхает, образуя отдельные плесы. 1
• Малые уклоны русла. 1 В устьевой части реки это способствует нагону воды в неё из Ейского лимана на расстояние до 8 км. 1 Такое явление наблюдается при сильных западных и северо-западных ветрах, которые могут вызвать подъём воды у станицы Старощербиновской на 70–80 см. 1
• Заиливание русла. 15 Из-за многочисленных плотин и дамб транспортирующая способность речного потока снижается, что приводит к уменьшению уклона водной поверхности и скорости потока. 1 Иловые отложения сокращают полезную ёмкость водоёмов, уменьшают их глубины и способствуют зарастанию, заболачиванию и ухудшению санитарного состояния. 1