Несколько причин, по которым в низовьях Немана происходят частые наводнения:

• Изменение климата. 25 Малоснежность, мягкие зимы, неравномерное прохождение осадков или их дефицит влияют на гидрологический режим рек. 5
• Ледяной покров. 1 Если на реках и в Куршском заливе образуются ледяные заторы, паводок может усилиться. 1
• Дождевые паводки. 3 Они могут возникать в течение всего года, особенно в случае соединения интенсивных дождей со снеготаянием. 2

Также на уровень воды в Немане влияет период межени — ежегодный процесс, когда реки питаются грунтовыми водами. 5