Несколько причин, по которым в некоторых регионах наблюдается снижение численности речного окуня:

• Бесконтрольная рыбохозяйственная мелиорация. 1 Она может приводить к удалению малоценных и хищных видов рыб, в том числе окуня, без одновременного зарыбления водоёмов ценными видами. 1 В результате кормовая база используется неэффективно. 1
• Зарегулирование стока. 3 Например, в бассейне Средней Оби негативное влияние на состояние запасов окуня оказало зарегулирование стока Оби плотиной Новосибирской ГЭС. 3
• Ускорение процессов эвтрофирования. 5 В экосистемах крупных водоёмов это приводит к перестройке рыбной части сообществ в сторону увеличения численности малоценных видов. 5

Также на численность окуня могут влиять температурные условия и уровень развития кормовой базы в водоёме, что влияет на длительность сезона откорма и темпы роста рыбы. 5