Температура воды в озере Танганьика отличается в разных местах подводного рельефа из-за разной плотности воды и отсутствия придонного течения. 25

Озеро обладает чётко выраженной стратификацией — разделением на слои с разной температурой и плотностью. 3 Верхний слой насыщен кислородом, но его глубина не превышает 100–150 метров. 3 Ниже начинается аноксическая зона — область, где кислорода практически нет, и вода остаётся застоявшейся. 3

В сухой сезон (май–сентябрь) под действием южных пассатов вода смещается с юга на север, что приводит к концентрации тёплых масс воды на севере озера. 25 В тёплый маловетренный сезон (с октября по май) происходит обратное перераспределение и выравнивание температуры воды в верхних слоях. 25

Кроме того, под каменным ложем озера идут вулканические процессы, которые подогревают воду. 4 Например, на глубине 400 метров температура воды стабильно составляет +23,1…+23,4 °С. 4