Бочаги с глубокой водой в небольших реках образуются из-за локального расширения и углубления русла. kartaslov.ru ru.wiktionary.org
Также причиной могут быть ключи, бьющие из-под земли, которые создают на дне реки углубления, заполняемые водой. www.rybinskayasreda.ru