Несколько факторов, которые способствовали образованию уникальной экосистемы в Карибском море:

• Тропические рифы. 1 Они разрастаются на сравнительно большой глубине (так называемой «сумеречной зоне») и вокруг них формируется богатый мир. 1
• Переходная зона между мелководьем и средними глубинами. 1 Наличие в ней рифов и новых видов рыб говорит о формировании самодостаточной экосистемы. 1
• Наличие глубоководных гидротермальных источников. 5 В Каймановой впадине Карибского моря учёные обнаружили гидротермальные источники класса «чёрные курильщики» на глубине 5 тыс. м. 5 Это уникальное явление, привязанное к срединно-океаническим хребтам. 5

Также на формирование экосистемы Карибского моря могут влиять изменения температурных условий и других условий среды обитания, активный вылов прибрежных ресурсов и загрязнение сточными водами. 2