Высокая кислотность воды в Голубых озерах связана с деятельностью сине-зелёных водорослей (цианобактерий), которые массово развиваются на дне таких водоёмов. 12

В процессе жизнедеятельности эти микроорганизмы потребляют растворённые в воде органические вещества и сульфаты, а днём выделяют кислород, а ночью — сероводород. 12 Сероводород вступает в реакцию с растворённым в воде железом, что приводит к образованию пирита и повышению кислотности воды. 1

Кроме того, в некоторых Голубых озерах, например в Кондуках (Тульская область), высокая кислотность воды связана с контактом с терриконами — отходами пустой породы, образующейся в процессе добычи угля. 4