Эль-Ниньо возникает в экваториальной части Тихого океана из-за ослабления пассатов. 25 Обычно они дуют на запад вдоль экватора. 2

Изменение атмосферного давления и скорости ветра заставляет тёплые поверхностные воды двигаться на восток вдоль экватора, от западной части Тихого океана к побережью северной части Южной Америки. 2 В результате температура воды у побережья Южной Америки повышается на 2–3 °С. 4

Также считается, что Эль-Ниньо возникает из-за появления западной аномалии ветра, которая связана с явлением колебания Маддена–Джулиана. 3 Оно возникает около Африканского побережья и медленно перемещается на протяжении 30–60 дней, проходя через весь Индийский океан и вплоть до центра Тихого океана, где исчезает. 3 Считается, что именно это явление вызывает более интенсивную западную аномалию ветра, которая создаёт аномалию в океане и движется к восточной части Тихого океана, где создаются условия Эль-Ниньо. 3