Ушканьи острова важны для сохранения уникальной флоры и фауны Байкала по нескольким причинам:

• Изолированность от материка. 4 Из-за изолированности на архипелаге сформировалась своеобразная флора и фауна. 4 Некоторые растения приобрели уникальные особенности, что позволило учёным описать на Ушканьих островах несколько новых растительных форм. 3
• Место обитания байкальской нерпы. 15 Ушканьи острова — основное место образования береговых лежбищ этого уникального животного в летне-осеннее время. 5 Во многом это связано с удобным географическим положением архипелага на границе северной и южной котловин Байкала. 5 Кроме того, на островах нерп не беспокоят крупные хищники. 5
• Разнообразие видов. 2 Ушканьи острова известны богатым биоразнообразием. 2 Здесь можно встретить множество видов растений и животных, многие из которых являются редкими и охраняемыми. 2
• Важный объект для научных исследований. 1 Географическое положение Ушканьих островов делает их важным объектом для изучения климатических изменений и экосистем озера. 1

Ушканьи острова являются частью Забайкальского национального парка и находятся под охраной государства. 12 Это придаёт дополнительную защиту местной флоре и фауне, так как национальный парк обеспечивает строгий контроль и охрану природных ресурсов. 1