Уровень воды в озере Таймыр меняется в зависимости от времени года, потому что дно водоёма располагается на вечной мерзлоте. 14

Летом уровень воды поднимается, так как на этот период приходится пик осадков. 2 В июне он держится на максимальном уровне до конца августа. 2 К зиме уровень воды падает, и к весне водоём теряет три четверти воды. 2

Также изменение уровня в течение года приводит к значительному — до 30–50% — изменению площади зеркала озера. 3

Кроме того, в этот период отток воды из озера через Нижнюю Таймыру сдерживается заторами льда на реке. 3 После очистки русла происходит быстрое снижение уровня воды, которое продолжается меньшими темпами вплоть до следующей весны. 3