Уровень воды в Ильмене колеблется более чем на 7 метров из-за диспропорции между размерами бассейна озера и его водным зеркалом. 1 Площадь бассейна Ильменя по одним источникам в 60 раз превышает площадь его водного зеркала, а по другим — в 90 раз. 1

При этом в Ильмень впадают 52 больших и малых реки, а вытекает только одна — Волхов, который не успевает в одиночку быстро перетаскать в Ладогу такие объёмы воды. 1

Также колебания уровня воды зависят от значительной проточности Ильменя и повышенной увлажнённости его бассейна. 2 В связи с большой проточностью вода в озере сменяется за 1,5–2 месяца. 4